由来は諸説あり、以下のようなものがある。

納所

昔、お坊さんがお寺の納所で納豆を作って食べていたことから「納所豆」と呼ばれ、後に「納豆」となったという説。

納めた豆

納所で作られた豆が容器に入れて貯蔵されていたことから、「納めた豆」が短縮されて「納豆」となったという説。

神様に納めた豆

神棚に供えた煮豆が偶然しめ縄の端に触れ、納豆菌が繁殖して糸を引いたことから、神様に感謝し「納めた豆」という意味で「納豆」と呼ばれるようになったという説。